Δυτική Εκκλησία
Η Δυτική Εκκλησία αποτελούνταν από δύο μέρη. Στο πρώτο μέρος, μια ημικυκλική αψίδα είχε λαξευτεί στον φυσικό βράχο κάτω από τη βορειοδυτική λεκάνη. Η αψίδα περιλάμβανε κόγχες για λύχνους, λαξευμένες στους νότιους και δυτικούς τοίχους της. Τα κατάλοιπα των θεμελίων της θύρας του τέμπλου μπροστά από την αψίδα είναι ακόμη ορατά.
Το δεύτερο μέρος της εκκλησίας αποτελούνταν από τέσσερις βάσεις κιόνων, κατασκευασμένες από καλοδουλεμένους, τετραγωνισμένους όγκους ψαμμίτη, που σχημάτιζαν κεντρικό ναό και δύο κλίτη. Θραύσματα κεραμικής υποδεικνύουν βυζαντινή χρονολόγηση. Είναι εξαιρετικά σημαντικό να γνωρίζουμε ότι προσκυνητές, όπως ο Ιωάννης Μόσχος, ο Επιφάνιος και ο Δανιήλ, ανέφεραν ότι στον Λόφο του Ηλία χτίστηκε εκκλησία γύρω από το σπήλαιο όπου κατοικούσε ο Ιωάννης ο Βαπτιστής, προσθέτοντας ότι βρίσκεται ένα μίλι ανατολικά του τόπου όπου βαπτίστηκε ο Ιησούς.

